OPEN LAB DSV - Droplet Digital PCR / Illumina MiSeq / Bio-plex 200
Piattaforma per Droplet Digital PCR (Bio-Rad):
- QX-200 Droplet Generator
- PX1 PCR Plate Sealer
- C1000 Touch Thermal Cycler
- QX-200 Droplet Reader.
Illumina MiSeq per il sequenziamento di nuova generazione:
- parametri di corsa flessibili, in termini di lunghezza delle sequenze;
- modalità di lettura dei frammenti (single o paired-end) e di quantità di sequenze ottenute;
- prestazioni del sistema: da 540Mbp a 15Gbp a seconda della chimica e dei parametri di corsa utilizzati.
Piattaforma Bio-plex 200 tecnologia luminex (Bio-Rad):
- Bio-Plex 200 System array reader: permette di identificare e quantificare fino a 100 diversi analiti (proteine e acidi nucleici) contemporaneamente, supporta piastre multiwell da 96 pozzetti;
- Bio-Plex Pro Wash Station: per lavaggi automatizzati, supporta piastre multiwell da 96 pozzetti.
Attrezzatura acquisita anche con il contributo di MIUR - Fondo Dipartimenti di Eccellenza 2018-2022. MiSeq Illumina acquisito anche con il contributo della Compagnia di San Paolo.
Applicazioni
Droplet Digital PCR:
- rilevamento e monitoraggio di antibiotico resistenza
- identificazione di mutazioni e alleli rari
- analisi di Copy Number Variation (CNV), espressione genica, microRNA
- rilevamento e verifica di Genome Editing
- quantificazione di DNA residuo e librerie.
MiSeq Illumina:
- analisi microbioma e biodiversità microbica (Metagenomica 16S)
- sequenziamento piccoli genomi, RNA e HLA
- sequenziamento forense
- screening genetico
- risequenziamento di geni di interesse.
Bio-Plex 200:
- sviluppo di test multiplexing per proteine e acidi nucleici
- analisi di pathway molecolari
- saggi immunologici e test di anticorpi.
Servizi
Consulenza nel disegno sperimentale e assistenza tecnica; per esperimenti di NGS consulenza nell’analisi dei dati.
L'accesso all'infrastruttura deve avvenire, previa prenotazione, con l'accompagnamento di personale autorizzato. Per esperimenti di NGS, le modalità di utilizzo e il supporto all’interpretazione dei risultati ottenuti è da concordare con i responsabili del laboratorio.
Le modalità di accesso, di prenotazione e le tariffe sono consultabili sul sito web dell'infrastruttura.