Piattaforma NGS UniTo
Strumentazioni
- Sequenziatore Illumina NextSeq 1000
- Sequenziatore Illumina NextSeq 500
- Sequenziatore MiSeq
- TapeStation 4150 Agilent
- Bioruptor Pico Diagenode
- Cluster TERA-X-CLS-013
Specifiche tecniche
- Sequenziatore Illumina NextSeq 1000 è dotato di un nuovo sistema ottico di super risoluzione che è ottimizzato per aumentare la luminosità dei cluster, ridurre il cross-talk dei canali e migliorare il rapporto segnale-rumore. Fornisce un output flessibile da 30 Gb fino a 120 Gb.
- Sequenziatore Illumina NextSeq 500 è un sequenziatore in grado di sequenziare da un minimo di 16 Gb fino ad un massimo di 120 Gb con “reads” di 75 o 150 paia di basi.
- MiSeq è un sequenziatore di minori dimensioni molto versatile. Con questo strumento si può sequenziare da un minimo di 500 Mb ad un massimo di 15 Gb con “reads” di 300 basi.
Il sequenziatore Illumina NextSeq 1000, la TapeStation 4150 Agilent, il Bioruptor Pico Diagenode e il server di calcolo e gestione dati Cluster TERA-X-CLS-013 sono stati acquisiti grazie a finanziamento Regione Piemonte - Bando INFRA-P.
I sequenziatori Illumina NextSeq 500 e MiSeq sono stati acquisiti con il contributo di Compagnia di San Paolo.
La piattaforma NGS offre un servizio di sequenziamento mediante Next Generation Sequencing (NGS).
Applicazioni
- Whole Genome Sequencing
- Whole Exome Sequencing
- Amplicon Sequencing
- Target Gene Sequencing
- Whole Transcriptome Sequencing
- Poly(A)-RNA Sequencing
- Small RNA Sequencing
- Ultra-Low Input RNA Sequencing
- Single Cell RNA Sequencing
- Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS)
- Ultra-Low Input WGBS
- Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
- Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
- ATAC-seq
Le attività sono svolte secondo le seguenti modalità: quantificazione materiale di partenza, controllo qualità materiale di partenza, generazione di libreria NGS, controllo qualità libreria NGS, sequenziamento massivo in parallelo su piattaforma Illumina, demultiplexing e controllo qualità sequenziamento.
Servizi
- Consulenza nel disegno sperimentale
- Consulenza sulla modalità di preparazione dei campioni da analizzare
- Consulenza sull’analisi informatica dei dati
- Analisi dei dati
- La piattaforma offre anche la possibilità di usufruire solo di una parte del servizio: preparazione delle librerie; solo sequenziamento; utilizzo degli strumenti Illumina con personale di supporto.
Per informazioni, preventivi e prenotazioni di servizio si prega di contattare il Prof. Salvatore Oliviero, Responsabile della piattaforma, oppure la Dr.ssa Francesca Anselmi e la Dr.ssa Anna Krepelova, il personale incaricato con il quale si concorda anche la preparazione e la consegna dei campioni.
Le tariffe e le modalità di accesso all’infrastruttura sono consultabili su www.dbios.unito.it » Ricerca » Piattaforma NGS UniTo.