Biologia - Genomica - Proteomica

• Cappe biologiche Jupiter (3, una per colture di cellule umane, due per colture di cellule di roditori)
• Incubatori a CO2 Heracell 150 e Steril-helios
• Centrifuga (Eppendorf 5702 e 5415r) e centrifughe refrigerate (Eppendorf 5415R e VWR Mega Star 1.6R)
• Ultracentrifuga (Beckman Coulter Optime LE-80K)
• Microscopio invertito in campo chiaro con sistema di acquisizione di immagini e analisi morfometriche (Nikon Eclipse TE2000-u)
• Microscopio invertito a fluorescenza ed in campo chiaro (Nikon Eclipse TS100)
• Contacellule automativo (Bio-rad TC20)
• Sistema Amaxa per elettroporazione in vitro

Attrezzatura acquisita anche con il contributo della Fondazione Cavalieri Ottolenghi.

Applicazioni

• Il laboratorio di colture cellulari del NICO offre un’ampia possibilità di testare gli effetti biologici derivanti da perturbazioni genetiche e/o farmacologiche su modelli cellulari in vitro. In particolare, è possibile utilizzare sia colture primarie, derivanti da tessuti di roditori o umani, sia linee cellulari immortalizzate.
• Il laboratorio ha particolare esperienza nello studio di modelli neurali, come neuroni ippocampali di topo e ratto in coltura primaria, cellule staminali neurali, linee cellulari motoneuronali (NSC34), linee tumorali derivanti da medulloblastomi e glioblastomi, in colture 2D e 3D.
• Il laboratorio ha anche esperienza con modelli non neurali, come cellule staminali mesenchimali, fibroblasti, linee tumorali epiteliali e linfocitarie.
• Per ogni modello sono stati implementati metodi per l’overespressione, il ‘knockdown’ di geni specifici e saggi funzionali di caratterizzazione fenotipica, come analisi di attività proliferativa e sopravvivenza, dell’apoptosi del danno al DNA, del differenziamento neurale.
• Il laboratorio è abilitato alla trasduzione cellulare con vettori virali di livello BSL2.
• Il laboratorio include anche una stanza attrezzata dedicata esclusivamente alla coltura di cellule umane pluripotenti indotte (hiPSC) e cellule umane staminali embrionali (hESC).

Servizi

• Consulenza nel disegno sperimentale, nella definizione dei read out funzionali e morfometrici e per l'elaborazione dei dati
• Formazione dei nuovi utenti
• Assistenza tecnica
• Esecuzione di saggi di sopravvivenza, proliferazione e differenziamento cellulare

È possibile accedere all'infrastruttura su prenotazione, l’utilizzatore deve avere una comprovata specifica formazione.
Le tariffe e le modalità di accesso all’infrastruttura sono definite in funzione delle richieste specifiche.

Il Laboratorio di Virologia Molecolare e Ricerca Antivirale possiede laboratori per un totale di circa 90 mq per la coltivazione e il mantenimento di patogeni umani fino a un livello di biosicurezza (BSL) 2.

Inoltre, condivide con il gruppo di ricerca di patologia, un locale dedicato alle colture cellulari e altri due locali destinati ad ospitare gli incubatori per un totale di circa 30 mq. 

Oltre alle consuete attrezzature da banco (incubatori, cappe etc.), il Laboratorio ha accesso ad una serie di grandi apparecchiature di ultima generazione, rientranti nelle altre infrastrutture di ricerca del Dipartimento di Scienze Cliniche e Biologiche.

Le attrezzature sono state acquisite anche con il contributo di Fondazione CRT e Compagnia di San Paolo.

Il Laboratorio è attivamente impegnato e svolge analisi/misurazioni nelle seguenti aree:

• studi sulle interazioni virus-cellula
• ricerca e sviluppo di molecole antivirali con focus su herpesvirus, papillomavirus, rotavirus, rinovirus, virus respiratorio sinciziale e zikavirus
• ricerca e sviluppo di formulazioni innovative basate su nanocarrier con finalità antivirali
• etnomedicina e fitomedicina
• proprietà antivirali del latte umano e del colostro.

I Servizi erogati dal VIRMOLLAB sono i seguenti:

• servizi di supporto alla certificazione avanzata (test e prove di laboratorio finalizzati al percorso certificativo; es. Bioburden)
• consulenza nel disegno sperimentale
• esecuzione di saggi antivirali in vitro
• esecuzione di saggi di citotossicità e vitalità cellulare
• consulenza per l'analisi quantitativa dei dati ottenuti.

È possibile accedere all'infrastruttura su prenotazione, accompagnati da personale autorizzato.

Le tariffe per l’erogazione dei servizi sono consultabili sul sito del Dipartimento di Scienze Cliniche e Biologiche.

Per esigenze specifiche di largo utilizzo delle strumentazioni o di erogazione dei servizi, sono possibili accordi con enti pubblici o privati esterni, regolati da apposita convenzione.

L’Officina Farmaceutica è composta da 3 laboratori di classe B, 1 laboratorio predisposto per la terapia genica di classe B, attualmente adibito a laboratorio per il controllo qualità.

L’officina è adibita alla preparazione di medicinali sperimentali sterili, preparati in asepsi, per terapia avanzata (ATMP).

Il sistema di qualità è basato su standard EuGMP costituito da documentazione di carattere prescrittivo (procedure gestionali, operative ed istruzioni di lavoro, ecc) e da documentazione di registrazione (batch record, log book attrezzature, moduli registrazioni dati grezzi, ecc.).

L’attività di produzione è costituita da:

• produzione di medicinali sperimentali sterili, preparati in asepsi, per terapia avanzata (ATMP).

I test condotti nel laboratorio Controllo Qualità interno sono i seguenti:

• test di Potency
• conteggio e vitalità cellulare
• test di identità
• test di impurezza.

È possibile accedere all’infrastruttura su prenotazione, accompagnati da personale autorizzato.
Le tariffe sono definite in funzione delle richieste specifiche.

Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time-of-Flying, MALDI-TOF Microflex Bruker Daltonics:

• Analizzatore di massa TOF per misurazioni lineari e reflectron
• Sorgente ionica microSCOUT™ MALDI con estrazione ionica pulsata PAN™
• Laser ad azoto 60 Hz
• Risoluzione in modalità reflectron > 15.000 FWHM
• Accuratezza di massa < 15 ppm
• Possibilità di acquisizione in modalità Post-Source Decay (PSD-MS/MS)

Software:

• FlexControl: acquisizione dati
• Flex Analysis: processamento dati
• Biotyper: identificazione microrganismi
• Biotools: processamento dati in ambito proteomico
• ClinProTools: analisi statistica dei dati acquisiti

Attrezzatura acquisita anche con il contributo di MIUR - Fondo Dipartimenti di Eccellenza 2018-2022.

Applicazioni

• Identificazione di microrganismi (batteri, miceti, parassiti)
• Definizione del profilo proteico di matrici biologiche (siero/plasma, latte, urine...)
• Identificazione di peptidi e proteine.

Servizi

Consulenza nel disegno sperimentale e assistenza tecnica.

L'accesso all'infrastruttura deve avvenire, previa prenotazione, con l'accompagnamento di personale autorizzato. Le modalità di accesso, di prenotazione e le tariffe sono consultabili sul sito web dell'infrastruttura.

Cell Sorter MoFlo Astrios EQs (Beckman Coulter)
Strumento ad alte prestazioni che permette di separare contemporaneamente fino a 6 popolazioni cellulari.

• Laser 488 nm e 640 nm spazialmente separati.
• 9 parametri di fluorescenza rilevabili: per laser 488 nm: 513/26, 576/21, 620/29, 664/22, 710/45, 795/70. Per laser 640 nm: 671/30, 722/44, 795/70.
• Possibilità di raccolta delle cellule sortate sui seguenti supporti: provette 1.5-2 ml, tubi FACS 5 ml, tubi Falcon 50 ml, piastre multiwell, vetrini.
• Software: Summit 6.3.1.

Attrezzatura acquisita anche con il contributo di MIUR - Fondo Dipartimenti di Eccellenza 2018-2022.

Applicazioni

• Esecuzione analisi citofluorimetriche su campioni di cellule in sospensione.
• Misurazione della frequenza/percentuale di particolari popolazioni cellulari in un campione marcato con specifici anticorpi.
• Separazione e isolamento di popolazioni immunofenotipicamente diverse (fino a 6 contemporaneamente).
• Single-cell sorting.

Servizi
Consulenza nel disegno sperimentale ed esecuzione sorting da parte del personale del laboratorio.

L'accesso all'infrastruttura deve avvenire, previa prenotazione, con l'accompagnamento di personale autorizzato dell’Open Lab. Le modalità di accesso e le tariffe sono consultabili sul sito web dell'infrastruttura.

Piattaforma per Droplet Digital PCR (Bio-Rad):

• QX-200 Droplet Generator
• PX1 PCR Plate Sealer
• C1000 Touch Thermal Cycler
• QX-200 Droplet Reader. 

Illumina MiSeq per il sequenziamento di nuova generazione: 

• parametri di corsa flessibili, in termini di lunghezza delle sequenze;
• modalità di lettura dei frammenti (single o paired-end) e di quantità di sequenze ottenute;
• prestazioni del sistema: da 540Mbp a 15Gbp a seconda della chimica e dei parametri di corsa utilizzati.

Piattaforma Bio-plex 200 tecnologia luminex  (Bio-Rad): 

• Bio-Plex 200 System array reader: permette di identificare e quantificare fino a 100 diversi analiti (proteine e acidi nucleici) contemporaneamente, supporta piastre multiwell da 96 pozzetti;
• Bio-Plex Pro Wash Station: per lavaggi automatizzati, supporta piastre multiwell da 96 pozzetti.

Attrezzatura acquisita anche con il contributo di MIUR - Fondo Dipartimenti di Eccellenza 2018-2022. MiSeq Illumina acquisito anche con il contributo della Compagnia di San Paolo.

Applicazioni

Droplet Digital PCR: 

• rilevamento e monitoraggio di antibiotico resistenza 
• identificazione di mutazioni e alleli rari 
• analisi di Copy Number Variation (CNV), espressione genica, microRNA 
• rilevamento e verifica di Genome Editing 
• quantificazione di DNA residuo e librerie.

MiSeq Illumina: 

• analisi microbioma e biodiversità microbica (Metagenomica 16S)
• sequenziamento piccoli genomi, RNA e HLA 
• sequenziamento forense 
• screening genetico 
• risequenziamento di geni di interesse.

Bio-Plex 200: 

• sviluppo di test multiplexing per proteine e acidi nucleici 
• analisi di pathway molecolari 
• saggi immunologici e test di anticorpi.

Servizi
Consulenza nel disegno sperimentale e assistenza tecnica; per esperimenti di NGS consulenza nell’analisi dei dati.

L'accesso all'infrastruttura deve avvenire, previa prenotazione, con l'accompagnamento di personale autorizzato. Per esperimenti di NGS, le modalità di utilizzo e il supporto all’interpretazione dei risultati ottenuti è da concordare con i responsabili del laboratorio.
Le modalità di accesso, di prenotazione e le tariffe sono consultabili sul sito web dell'infrastruttura.