Oggetto dell'attività scientifica di Gianluigi Mangiapane è il patrimonio in beni culturali conservato presso i musei afferenti al Sistema Museale dell'Ateneo torinse. Oltre all'approfondimento storico delle collezioni museali, si occupa della loro tutela, catalogazione, digitalizzazione e valorizzazione. A tale scopo, collabora con altre istituzioni culturali, pubbliche e private, per realizzare iniziative e progetti di public engagement e audience development. Infine, ha co-curato diverse mostre, quali "Facendo Altro" (Palazzo Barolo, 2019) e "Lo sguardo dell’antropologo" (Museo Egizio, 2021-2022), e ha co-organizzato festival, workshop, convegni e progetti partecipativi.

Dal 2019 fa parte del Comitato scientifico del Museo di Antropologia ed Etnografia del Sistema Museale di Ateneo (Università degli Studi di Torino).