Agrifood

Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time-of-Flying, MALDI-TOF Microflex Bruker Daltonics:

• Analizzatore di massa TOF per misurazioni lineari e reflectron
• Sorgente ionica microSCOUT™ MALDI con estrazione ionica pulsata PAN™
• Laser ad azoto 60 Hz
• Risoluzione in modalità reflectron > 15.000 FWHM
• Accuratezza di massa < 15 ppm
• Possibilità di acquisizione in modalità Post-Source Decay (PSD-MS/MS)

Software:

• FlexControl: acquisizione dati
• Flex Analysis: processamento dati
• Biotyper: identificazione microrganismi
• Biotools: processamento dati in ambito proteomico
• ClinProTools: analisi statistica dei dati acquisiti

Attrezzatura acquisita anche con il contributo di MIUR - Fondo Dipartimenti di Eccellenza 2018-2022.

Applicazioni

• Identificazione di microrganismi (batteri, miceti, parassiti)
• Definizione del profilo proteico di matrici biologiche (siero/plasma, latte, urine...)
• Identificazione di peptidi e proteine.

Servizi

Consulenza nel disegno sperimentale e assistenza tecnica.

L'accesso all'infrastruttura deve avvenire, previa prenotazione, con l'accompagnamento di personale autorizzato. Le modalità di accesso, di prenotazione e le tariffe sono consultabili sul sito web dell'infrastruttura.

Cell Sorter MoFlo Astrios EQs (Beckman Coulter)
Strumento ad alte prestazioni che permette di separare contemporaneamente fino a 6 popolazioni cellulari.

• Laser 488 nm e 640 nm spazialmente separati.
• 9 parametri di fluorescenza rilevabili: per laser 488 nm: 513/26, 576/21, 620/29, 664/22, 710/45, 795/70. Per laser 640 nm: 671/30, 722/44, 795/70.
• Possibilità di raccolta delle cellule sortate sui seguenti supporti: provette 1.5-2 ml, tubi FACS 5 ml, tubi Falcon 50 ml, piastre multiwell, vetrini.
• Software: Summit 6.3.1.

Attrezzatura acquisita anche con il contributo di MIUR - Fondo Dipartimenti di Eccellenza 2018-2022.

Applicazioni

• Esecuzione analisi citofluorimetriche su campioni di cellule in sospensione.
• Misurazione della frequenza/percentuale di particolari popolazioni cellulari in un campione marcato con specifici anticorpi.
• Separazione e isolamento di popolazioni immunofenotipicamente diverse (fino a 6 contemporaneamente).
• Single-cell sorting.

Servizi
Consulenza nel disegno sperimentale ed esecuzione sorting da parte del personale del laboratorio.

L'accesso all'infrastruttura deve avvenire, previa prenotazione, con l'accompagnamento di personale autorizzato dell’Open Lab. Le modalità di accesso e le tariffe sono consultabili sul sito web dell'infrastruttura.

Piattaforma per Droplet Digital PCR (Bio-Rad):

• QX-200 Droplet Generator
• PX1 PCR Plate Sealer
• C1000 Touch Thermal Cycler
• QX-200 Droplet Reader. 

Illumina MiSeq per il sequenziamento di nuova generazione: 

• parametri di corsa flessibili, in termini di lunghezza delle sequenze;
• modalità di lettura dei frammenti (single o paired-end) e di quantità di sequenze ottenute;
• prestazioni del sistema: da 540Mbp a 15Gbp a seconda della chimica e dei parametri di corsa utilizzati.

Piattaforma Bio-plex 200 tecnologia luminex  (Bio-Rad): 

• Bio-Plex 200 System array reader: permette di identificare e quantificare fino a 100 diversi analiti (proteine e acidi nucleici) contemporaneamente, supporta piastre multiwell da 96 pozzetti;
• Bio-Plex Pro Wash Station: per lavaggi automatizzati, supporta piastre multiwell da 96 pozzetti.

Attrezzatura acquisita anche con il contributo di MIUR - Fondo Dipartimenti di Eccellenza 2018-2022. MiSeq Illumina acquisito anche con il contributo della Compagnia di San Paolo.

Applicazioni

Droplet Digital PCR: 

• rilevamento e monitoraggio di antibiotico resistenza 
• identificazione di mutazioni e alleli rari 
• analisi di Copy Number Variation (CNV), espressione genica, microRNA 
• rilevamento e verifica di Genome Editing 
• quantificazione di DNA residuo e librerie.

MiSeq Illumina: 

• analisi microbioma e biodiversità microbica (Metagenomica 16S)
• sequenziamento piccoli genomi, RNA e HLA 
• sequenziamento forense 
• screening genetico 
• risequenziamento di geni di interesse.

Bio-Plex 200: 

• sviluppo di test multiplexing per proteine e acidi nucleici 
• analisi di pathway molecolari 
• saggi immunologici e test di anticorpi.

Servizi
Consulenza nel disegno sperimentale e assistenza tecnica; per esperimenti di NGS consulenza nell’analisi dei dati.

L'accesso all'infrastruttura deve avvenire, previa prenotazione, con l'accompagnamento di personale autorizzato. Per esperimenti di NGS, le modalità di utilizzo e il supporto all’interpretazione dei risultati ottenuti è da concordare con i responsabili del laboratorio.
Le modalità di accesso, di prenotazione e le tariffe sono consultabili sul sito web dell'infrastruttura.

Piattaforma High-Content Screening Nikon:

• Microscopio Nikon Eclipse Ti2
• Confocale Spinning Disk Crest X-light V2: sistema confocale basato su tecnologia a disco di Nipkow. Possibilità di acquisizione ad alta velocità e minor impatto sul campione (migliore compatibilità con sistemi Live Imaging).
• Obiettivi: 10x, 20x, 40x ad aria; 63x ad immersione ad olio
• Illuminazione a LED. Lunghezze d’onda di eccitazione: 395, 440, 470, 510, 550, 575, 640 nm. Filtri fluorescenza per DAPI, GFP, FITC e TRITC con filtro passabanda.
• Fotocamera a colori: presenza sensore CMOS e risoluzione di 16.25 Megapixel
• Modulo VCS Super-risoluzione: risoluzioni pari a 120 nm su XY e 300 nm su asse Z
• Incubatore per il controllo della temperatura, umidità, CO2 per Live Imaging.

Microscopio confocale SP8 Leica:

• Microscopio diritto DM6 CS
• Obiettivi: 10x e 20x ad aria; 40x ad immersione ad acqua, 63x ad immersione ad olio
• Laser: 405, 458, 476, 488, 496, 514, 561, 633 nm
• Filtri in emissione: DAPI, FITC, TRITC
• Sistema di rilevazione e separazione spettrale con 3 detector (1 PMT e 2 detector ibridi HyB GaAsP ad alta sensibilità)
• Software Navigator per costruzioni a mosaico
• Incubatore per il controllo della temperatura, umidità, CO2 per Live Imaging.

Attrezzatura acquisita anche con il contributo di MIUR - Fondo Dipartimenti di Eccellenza 2018-2022.

Applicazioni 

Piattaforma High-Content Screening:

• screening farmacologici e tossicologici in coltura cellulare su piastra e su vetrino;
• sviluppo di saggi e valutazione di attività enzimatiche;
• Live Imaging in time lapse.

Microscopio confocale SP8 Leica:

• Imaging confocale a scansione multicanale ad alta sensibilità;
• acquisizione in Z-stack e visualizzazione 3D;
• ricostruzione mosaico di campioni grandi (funzione Navigator);
• controllo ambientale (CO2 e temperatura) per live imaging;
• analisi della dinamica delle proteine in cellule vive mediante FRAP/FRET.

 
Servizi
Consulenza nel disegno sperimentale e assistenza tecnica.

L'accesso all'infrastruttura deve avvenire, previa prenotazione, con l'accompagnamento di personale autorizzato. 
Le modalità di accesso, di prenotazione e le tariffe sono consultabili sul sito web dell'infrastruttura.

• Il sistema HPLC analitico/semipreparativo è accoppiato a spettrometro di massa a singolo quadrupolo (range massa 20-2000 m/z) e detector PDA
• L’autocampionatore e il raccoglitore automatico di frazioni ottimizzano lo sviluppo di metodi analitici e/o la purificazione dei composti
• Il sistema Acquity UPLC-QDa è accoppiato anch’esso a spettrometro di massa a singolo quadrupolo (range massa 20-1250 m/z) e detector UV a lunghezza d’onda variabile
• La tecnologia UPLC utilizza colonne con diametro delle particelle < 2μm, ciò permette di avere una risoluzione cromatografica molto più elevata rispetto alla tecnologia HPLC convenzionale, con tempi di analisi molto veloci e sensibilità maggiori

Attrezzatura acquisita anche con il contributo della Regione Piemonte.

Il sistema analitico-semipreparativo HPLC-MS:

• è gestito dal browser FractionLynx che automatizza il processo di purificazione dei campioni; controlla la raccolta delle frazioni; traccia i campioni, le loro frazioni e i dati a essi associati
• permette il triggering e la raccolta delle frazioni usando in contemporanea i due tipi di rilevamento MS e UV, in modo affidabile
• consente la purificazione di miscele complesse, l’isolamento e l’identificazione di diversi campioni

Il sistema ACQUITY UPLC-QDa permette:

• separazioni su scala da nano a micro
• analisi di composti presenti in quantità o disponibilità limitate anche in presenza di matrici complesse
• analisi di piccole molecole organiche naturali e sintetiche
• analisi di peptidi e/o metaboliti
• studi di farmacocinetica dei composti bioattivi.

È possibile accedere all'infrastruttura su prenotazione, accompagnati da personale autorizzato, e/o inviare i campioni per le analisi (senza accedere direttamente alla struttura).
Viene valutata la fattibilità tecnica della richiesta e vengono programmati gli esperimenti.
Le tariffe sono definite in funzione delle richieste specifiche.

CyAn™ ADP analyzer, Beckman Coulter:

• Due laser di eccitazione: 488 e 635 nm
• Ottica di messa a fuoco indipendente priva di allineamento
• Sette colori simultanei
• Due parametri di dispersione
• Tassi di analisi di 70.000 eventi al secondo.

Applicazioni

• Analisi di precisione di cellule, batteri e altre particelle di dimensioni simili
• Strumento ottimizzato per ciclo cellulare, cinetica, studio di proteine fluorescenti e immunofenotipizzazione multi-colore
• Analisi di eventi rari, come studi di MHC Dextramer
• Compensazione semplificata prima e durante l'acquisizione in tutti i parametri fluorescenti

Servizi

• Consulenza nel disegno sperimentale
• Formazione dei nuovi utenti
• Assistenza tecnica
• Consulenza per l'analisi quantitativa dei dati ottenuti

È possibile accedere all'infrastruttura su prenotazione, accompagnati da personale autorizzato.
Le tariffe sono definite in funzione delle richieste specifiche.

Caratteristiche essenziali (Ultra congelatore criogenico) MDF-C2156VAN:

• Ultra compressore a bassa temperatura
• Conservazione campioni biologici (colture di microrganismi) a basse temperature.
• Brevettato V.I.P., pannello di isolamento di vuoto ad alta densità
• Tre livelli di sicurezza mobile
• No CFC
• Maggiore affidabilità di conservazione a lungo termine
• Funzioni avanzate di controllo
• LED display digitale e immissione dei dati chiave piatta per una precisa impostazione di temperatura
• Ultra-bassa temperatura creata da un separatore d'olio ad alta efficienza
• Materiale isolante in poliuretano espanso speciale-in-place per la massima protezione
• Apparecchiature di avvertimento ad alta temperatura
• Spia di allarme di interruzione di corrente e buzzer
• Contatto di allarme remoto

Il congelatore è ideale per lo stoccaggio criogenico e lungo termine nei laboratori e non utilizza alcun dannoso CFC per ottenere una temperatura ultra bassa di -150ºC.

Attrezzatura acquisita anche con il contributo della Fondazione CRT.

Conservazione campioni biologici (colture di microrganismi e loro derivati) a basse temperature.

Si ricorda che la MUT offre anche servizi relativi all'isolamento, identificazione e caratterizzazione di microrganismi con particolare riferimento ai funghi.

Le modalità di accesso all’infrastruttura sono disponibili su www.mut.unito.it » Servizi.
Il tariffario è consultabile su www.mut.unito.it » Servizi » Tariffario.

• Il liofilizzatore - LIO 10P Automatic Special Plant - 5Pascalconsente di liofilizzare in sterilità circa 100 campioni di ampolle (vials) contemporaneamente
• I liofilizzatori a piastre 5Pascal della serie LIO10P sono espressamente progettati per cicli produttivi brevi e riproducibili

Liofilizzazione di risorse biologiche (colture di microrganismi) e loro derivati in sterilità.

Si ricorda che la MUT offre anche servizi relativi all'isolamento, identificazione e caratterizzazione di microrganismi con particolare riferimento ai funghi.

Le modalità di accesso all’infrastruttura sono disponibili su www.mut.unito.it » Servizi.
Il tariffario è consultabile su www.mut.unito.it » Servizi » Tariffario.

Microflex-MALDI TOF-MS Bruker Daltonics:

• MALDI-TOF-MS (Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization)
• Lo strumento opera in Linear-, Reflector- e Psd-Mode
• Lo strumento contiene un laser CLASS IIIB con emissione a 337nmUV-light
• Il vuoto è generato da tre pompe totalmente integrate nel sistema capaci di raggiungere una pressione di vuoto pari a 2X10-6 mbar
• I Micro Scout Plates a disposizione sono tre, due MSP96, e uno Anchorchip.

Applicazioni

• Identificazione di proteine intere in Linear mode
• Identificazione di proteine digerite in Reflector mode e in PSD mode.

Servizi

• Consulenza nel disegno sperimentale
• Consulenza tecnica.

È possibile accedere all'infrastruttura su prenotazione, accompagnati da personale autorizzato.
Le tariffe sono definite in funzione delle richieste specifiche.

Strumentazioni

• Sequenziatore Illumina NextSeq 1000
• Sequenziatore Illumina NextSeq 500
• Sequenziatore MiSeq
• TapeStation 4150 Agilent
• Bioruptor Pico Diagenode
• Cluster TERA-X-CLS-013

Specifiche tecniche

• Sequenziatore Illumina NextSeq 1000 è dotato di un nuovo sistema ottico di super risoluzione che è ottimizzato per aumentare la luminosità dei cluster, ridurre il cross-talk dei canali e migliorare il rapporto segnale-rumore. Fornisce un output flessibile da 30 Gb fino a 120 Gb.
• Sequenziatore Illumina NextSeq 500 è un sequenziatore in grado di sequenziare da un minimo di 16 Gb fino ad un massimo di 120 Gb con “reads” di 75 o 150 paia di basi.
• MiSeq è un sequenziatore di minori dimensioni molto versatile. Con questo strumento si può sequenziare da un minimo di 500 Mb ad un massimo di 15 Gb con “reads” di 300 basi.

Il sequenziatore Illumina NextSeq 1000, la TapeStation 4150 Agilent, il Bioruptor Pico Diagenode e il server di calcolo e gestione dati Cluster TERA-X-CLS-013 sono stati acquisiti grazie a finanziamento Regione Piemonte - Bando INFRA-P.

I sequenziatori Illumina NextSeq 500 e MiSeq sono stati acquisiti con il contributo di Compagnia di San Paolo.

La piattaforma NGS offre un servizio di sequenziamento mediante Next Generation Sequencing (NGS).

Applicazioni

• Whole Genome Sequencing
• Whole Exome Sequencing
• Amplicon Sequencing
• Target Gene Sequencing
• Whole Transcriptome Sequencing
• Poly(A)-RNA Sequencing
• Small RNA Sequencing
• Ultra-Low Input RNA Sequencing
• Single Cell RNA Sequencing
• Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS)
• Ultra-Low Input WGBS
• Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
• Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
• ATAC-seq

Le attività sono svolte secondo le seguenti modalità: quantificazione materiale di partenza, controllo qualità materiale di partenza, generazione di libreria NGS, controllo qualità libreria NGS, sequenziamento massivo in parallelo su piattaforma Illumina, demultiplexing e controllo qualità sequenziamento.

Servizi

• Consulenza nel disegno sperimentale
• Consulenza sulla modalità di preparazione dei campioni da analizzare
• Consulenza sull’analisi informatica dei dati
• Analisi dei dati
• La piattaforma offre anche la possibilità di usufruire solo di una parte del servizio: preparazione delle librerie; solo sequenziamento; utilizzo degli strumenti Illumina con personale di supporto.

Per informazioni, preventivi e prenotazioni di servizio si prega di contattare il Prof. Salvatore Oliviero, Responsabile della piattaforma, oppure la Dr.ssa Francesca Anselmi e la Dr.ssa Anna Krepelova, il personale incaricato con il quale si concorda anche la preparazione e la consegna dei campioni.

Le tariffe e le modalità di accesso all’infrastruttura sono consultabili su www.dbios.unito.it » Ricerca » Piattaforma NGS UniTo.